盡管95%以上的性傳播疾病是通過各種性行為傳播的，但已經肯定，廁所坐墊也會造成此類疾病的傳播，其中比較容易發生的是陰道毛滴蟲和白色念珠菌所引起的陰道炎。

由于公共廁所由多人頻繁使用，性傳播疾病患者的臀部、會陰部和衣褲中的致病原就會通過污染廁所坐墊而傳給他人。如梅毒螺旋體、白色念珠菌、陰虱、疥蟲等可從患者身上留在廁所坐墊上，若短時間內另一人如廁就有可能被傳染上。據測定，淋病雙球菌在廁所坐墊上可以存活18個小時，陰道毛滴蟲可在半干燥環境中存活6個小時。