醫學界經過多年研究認為，如果刷牙后漱口不徹底，就會攝入牙膏殘液。而人們日常使用的各種牙膏，不論其用料異同，在配方中都含有摩擦劑、發泡劑、溫化劑、稠化劑、調味劑、防腐劑等，有些牙膏還含有氟化劑等。這些用劑中含有磷酸鹽、碳酸鈣、碳酸鎂等化學物質，可能會引起局部性胃腸炎等疾病。

另外年幼的兒童抵抗力差，免疫功能尚不健全，口腔黏膜特別嬌嫩，使用刺激性較強的牙膏會損傷兒童的口腔，再加上兒童不善于漱口清除牙膏殘液，如果牙膏殘液中過多的化學成分滯留在體內，會對兒童的生長發育和身體健康造成極大的危害。因此兒童漱口最好不用牙膏。

使用藥物牙膏可以使一些牙病得到治療。但是，若不對癥選用藥物牙膏，不僅不能達到預期的目的，而且還會有副作用。藥物牙膏雖對一些口腔疾病有療效，但并不能包治所有的口腔疾病。如果長期使用抗菌消炎類藥物牙膏，會在殺滅細菌的同時將口腔中的正常細菌也殺滅了，使口腔產生新的疾患；許多藥物牙膏中含有生物堿和刺激性物質，長期使用會損害口腔黏膜，使口腔、牙齦、舌頭、口唇、咽喉等處發炎；有些帶有苦辣味的藥物牙膏長期使用會使人胃腸不適；有些藥物牙膏含有一定量的色素，長期使用，可使牙齒失去光澤。因而家庭要經常換用不同品牌的牙膏。