作為兒童病患的專業治療醫院，徐州市兒童醫院心胸外科是江蘇省小兒先天性心臟病大病救助定點醫院和紅十字會“愛心工程”合作單位，是徐州市重點學科。科室一直走在小兒先天性心臟病及小兒先天性胸部畸形治療前列，尤其在嬰幼兒復雜危重先天性心臟病診療和微創治療常見先天性心臟病方面有豐富的經驗，先進的設備、過硬的技術和舒適的就醫環境為兒童醫院心胸外科贏得諸多贊譽。
徐州市兒童醫院心胸外科作為徐州市臨床醫學重點學科，設有心胸專科、專家門診及專病門診，并開放病區2個：普通病房病區，床位25張;監護室，9個獨立搶救單元，配備心臟彩超機1臺、體外循環機2臺、麻醉機2臺、呼吸機5臺、電除顫儀2臺、監護儀12臺、降溫水毯1臺等等。科室擁有主任醫師2名，主治醫師3名，住院醫師5名，均經過心胸外科及術后監護專業培訓。醫護人員高、中、初級人才結構合理。
(1)小兒先天性心臟病微創治療：食管超聲引導下經胸微創封堵術治療小兒室間隔缺損和房間隔缺損技術成熟，獲2014年徐州市新技術引進獎一等獎。目前科室繼續深化微創技術在先心病治療中的應用，開展食道超聲引導下動脈導管未閉封堵術和經皮微創封堵術治療房間隔缺損，在先心病微創治療方面處于國內先進地位。
(2)小兒漏斗胸微創治療：開設漏斗胸專病門診，病房常規開展NUSS術，不需要胸腔鏡及胸骨切斷，創傷小，矯形效果滿意，復發率低。
(1)小兒先天性心臟病常規體外循環手術治療：作為江蘇省小兒先天性心臟病手術治療定點醫院，體外循環手術量每年400余例，包括室間隔缺損、房間隔缺損、法洛四聯癥、完全性房室通道、完全性肺靜脈異位引流、主動脈縮窄、右室雙出口、大動脈轉位等各種先天性心臟病類型。
(2)普胸疾病治療：普胸手術年手術量100余例，包括膿胸、縱隔及胸腔占位、膈疝、膈膨升、食管裂孔疝、漏斗胸等。常規開展漏斗胸NUSS術，不需要胸腔鏡及胸骨切斷，創傷小，矯形效果滿意。
