在臨床上有經驗的醫生根據B超檢查，結合臨床的表現一般就可以確診，巧克力囊腫的聲像圖特點為圓形或橢圓形的低回聲區，囊壁相對較厚，厚度基本均勻，邊界往往因粘連而欠清，囊壁由于液體粘稠及血塊粘附而不平，囊液透聲差，內部含大量細小密集光點，而成低回聲，時間較長的囊腫內可以有凝固的血塊，而出現中高回聲區，使內部回聲不均勻，形態不規則，囊腔內還可探及纖維組織形成的光帶，構成完全性或不完全性分隔，彩色多譜勒囊壁可探及阻力較高的血管。
根據一項報告指出復發的機會要3年內是14%，到3、5年之后，復發的機會已升到了40%。這又是為什么呢?在做手術的一般醫生都想把子宮內膜異位癥切除，就是把它燒灼了，可是為什么又會有那么多的復發病癥呢。所謂復發一個原因可能是體內另外新生長的子宮內膜異位癥;另一個可能是在手術時并沒有發現非典型的子宮內膜異位癥，或者是顯微的子宮內膜異位癥，在不孕的病人之中，55%有這種非典型的子宮內膜異位癥，如果沒有發現非典型的子宮內膜異位癥或顯微的子宮內膜異位癥，那么手術就不可能做的完整，結果是手術后會繼續產生疼痛和不孕。這可能是手術沒有完全消化子宮內膜異位癥而產生了更多和更活躍的前列腺素而導致疾病的復發。
卵巢巧克力囊腫隨著病程的延長，囊腫內積血的不斷增加，囊腫體積也隨之增大。當囊腔內積血過多、壓力過高時，可撐破囊壁薄弱部分，發生囊腫自發性破裂，囊內流出部分積血，壓力降低后，囊壁破口常可自行愈合。經過若干時間后，囊內積血再次增多、壓力再次增大時，又可發生自發性破裂。囊腫破裂后流至盆腔內的積血，刺激腹膜，引起劇烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘連。卵巢巧克力囊腫可以在沒有誘因情況下自發破裂，粗暴或劇烈的性生活，尤其是經前期性生活，常是常見的導致囊腫破裂的重要誘因。
較小的卵巢巧克力囊腫，通常不易發生破裂。卵巢巧克力囊腫的藥物治療效果差，難以消除巧克力囊腫，當囊腫增大到3厘米以上，自發破裂的風險開始出現，并逐漸增加，它長到一定大小，自發破裂常難以避免。因此，它的確是藏在盆腔內的“炸彈”，說不定何時會發生“爆炸”。
由于卵巢巧克力囊腫破裂流至盆腔內的是陳舊積血，并非大量新鮮出血，除腹痛外，通常不會影響生命體征，不會出現休克。有人認為，既然不會危及生命，能否采取不手術的保守治療，使患者免受手術之苦。其實不然，保守治療后，囊壁破口愈合了，癥狀消失了，但不久又有可能發生自發破裂。如此反復發作、受苦，且發作次數越多，引起的盆腔粘連越重，盆腔粘連引起的腹痛等癥狀，更會使她“雪上加霜”，苦不堪言。
因此確診為卵巢巧克力囊腫，直徑達到或超過3厘米者，應接受手術，清除“炸彈”爆炸的危險。此時手術多采取巧克力囊腫剝除術，從而最大限度地保留了正常的卵巢組織，傳統剖腹手術或腹腔鏡手術都能達到治療目的。術后還需要服用藥物鞏固療效，這對防止卵巢巧克力囊腫的復發有著重要意義。
